Факультет Биоинженерии и Биоинформатики был открыт в МГУ в 2002 году.
Биоинформатика — это наука, исследующая результаты массовых биологических экспериментов, таких как расшифровка последовательностей ДНК и белков. Биоинформатика является одним из профильных направлений обучения на факультете, поэтому в учебном плане присутствует много курсов, посвящённых работе с компьютером.
Очевидно, важная роль отводится имеющейся на факультете аппаратно-программной базе, обеспечивающей эти курсы и связанный с ними учебный процесс.
Нами была разработана и внедрена компьютерная база факультета. Компьютерная база факультета является частью компьютерной базы НИИ ФХБ им. А.Н. Белозерского МГУ. К базе факультета относятся два компьютерных класса на 23 рабочих места каждый, несколько серверов факультета и компьютеры факультетских лабораторий, объединённые локальными сетями института Белозерского.
На компьютеры класса установлены две операционных системы: Microsoft Windows XPcopy и Debian 3.1 GNU/Linux. Компьютеры класса объединены в домен в смысле Windows и в LDAP-«домен» с централизованной сетевой файловой системой в смысле Linux. Серверный парк состоит из трёх серверов под управлением Debian 3.1 GNU/Linux, поддерживающих обе доменные структуры, резервное копирование, предоставление сетевых сервисов и доступа к биологическим базам данных.
Компьютерные дисциплины и курсы, основанные на них, в учебной программе факультета включают:
Курс «Биоинформатика» в существенной степени основан на свободном ПО. Это является следствием того, что большинство ПО для молекулярной биологии является свободным.
Молекулярная биология — это наука, изучающая биологию молекул. В ней накопили значительный объём однородных экспериментальных данных. Так, в последние десять лет полностью расшифрованы гены более сотни организмов, включая человека. Открытость этих данных, а также программных средств их анализа и обработки является одной из основ и достижений молекулярной биологии, и молекулярной медицины.
Благодаря открытости данных и ПО оказалось возможным обучение на уровне лучших мировых университетов. Подтверждением уровня образования на факультете являются работы, выставленные студентами в ходе практики по биоинформатике в Лейбнинском университетском научном центре (2005).